Metody čištění strojů pro vodní studny zahrnují především fyzické proplachování, mechanické bagrování a pneumatické narážení. Základním principem je odstranění sedimentu, bahna a biofilmu ze stěn a dna studny pomocí fyzické síly.
Metoda sání pístu: Speciálně navržený píst se rychle pohybuje nahoru a dolů uvnitř pláště vrtu a vytváří silný rozdíl tlaku vody k extrakci sedimentu. Tato metoda je vhodná pro středně hluboké až hluboké vrty, přičemž účinně rozkládá bahenní vrstvu na stěnách vrtu a čistí zvodněnou vrstvu.
Proplachování-vysokotlakou vodní pistolí: Využití vysokotlakého proudu vody 6–8 MPa k přímému proplachování stěn studny, vhodné pro mělké studny (kolem 20 metrů) k odstranění bahna a usazenin. Lze jej použít ve spojení s ponorným čerpadlem pro cirkulační proplachování, dokud není voda čistá.
Proplach vzduchového kompresoru (promývání studny stlačeným vzduchem): Proud vzduchu pod vysokým{0}}tlakem okamžitě vytlačí vodní sloupec z pláště studny a pomocí zpětného rázu odvede nečistoty. Zvláště efektivní pro hluboké studny nad 30 metrů. Tato metoda důkladně rozruší usazeniny ve studni a zlepší účinnost čištění.
Metoda mechanického čištění: Tato metoda používá mechanickou kartáčovou hlavu nebo škrabku k otáčení a drhnutí podél stěny studny, aby se odstranily usazené vodní kámen, železné bakterie a biofilm. U hlubokých vrtů lze k operaci použít zařízení na dálkové ovládání nebo--běžné čisticí nástroje (jako jsou měrky na studny, brusné frézy atd.).
